V 15. století  se začaly na českém území prosazovat snahy o reformu církve (Jan Hus). Toto hnutí našlo svou trvalejší podobu v církvi utrakvistické („pod obojí“) a pak především v Jednotě Bratrské. Později se nechalo obohatit i evropskými reformačními proudy (Luther - luteráni, Kalvín - reformovaní), zachovalo si však svůj specifický, český charakter.

Po bitvě na Bílé Hoře 1620 bylo evangelictví v českých zemích zakázáno a evangelíci se museli vystěhovat nebo přijmout katolickou víru svého panovníka. Přesto mnozí dál tajně a pod hrozbou přísných trestů vychovávali své děti ve víře svých otců. Obnovu, resp. nové zakládání evangelických sborů znovu povolil až Josef II. v roce 1781, kdy vydal "Toleranční patent". Ten umožňoval připojit se buď k reformovanému či luterskému proudu církve. Evangelické modlitebny ale stále nesměly mít věže, zvony ani klenutá okna. Malé kostely proto někdy připomínají spíše vesnické chalupy -  toleranční modlitebny. Po roce 1861 se stali evangelíci plnoprávnými občany, ale evangelická církev svůj vliv, který měla v 15. a 16. století na veřejné dění, již zpět nezískala. Teprve v roce 1918 vznikla Českobratrská církev evangelická, která tyto dva proudy sjednotila a nově zhodnotila i tradici české reformace.

Vysočina byla jedním z mála míst, kde po bitvě na Bílé hoře a násilné rekatolizaci evangelické vyznání přetrvalo až do vydání Tolerančního patentu císařem Josefem II. Rozlehlá a z velké části neosídlená krajina plná zalesněných kopců nabídla prchajícím evangelíkům úkryt a možnost snadnějšího přežití.  Díky tomu se právě na Vysočině zachovala velká část modliteben ( ze 48 zachovalých modliteben se nachází 13 na Vysočině). 

Právě Vysočina nabídla azyl v letech 1578-1620 tajné bratrské tiskárně v Kralicích nad Oslavou. Zde vznikaly a tiskly se knihy náboženského charakteru i sekulární díla a učebnice.  Tím nejvýznamnějším dílem dodnes je první český překlad bible z původních jazyků, Bible kralická.